抗体可变区CDR标注

抗体可变区注释

Kabat定义方案：基于序列可变性（variability），使用最为广泛，但是有缺陷。

Chothia定义方案：基于结构loop区的位置

Contact 定义方案：基于现有的抗体复合物晶体结构数据。这个定义方案对于希望通过突变来改变抗体亲和力的人来说可能是最有用的，因为这些残基参与了与抗原的相互作用。

Loop

Kabat

AbM

Chothia1

Contact2

IMGT

L1

L24--L34

L24--L34

L24--L34

L30--L36

L27--L32

L2

L50--L56

L50--L56

L50--L56

L46--L55

L50--L51

L3

L89--L97

L89--L97

L89--L97

L89--L96

L89--L97

H1

H31--H35B(Kabat Numbering)3

H26--H35B

H26--H32..34

H30--H35B

H26--H35B

H1

H31--H35(Chothia Numbering)

H26--H35

H26--H32

H30--H35

H26--H33

H2

H50--H65

H50--H58

H52--H56

H47--H58

H51--H56

H3

H95--H102

H95--H102

H95--H102

H93--H101

H93--H102

注1：不同文献中的标注略有不同，特别是Chothia标注方案

注2：除了contact标注方案使用Chothia或者Martin编号方案外，其他的标注方案都能与各种编号方案兼容

注3： the end of the Chothia CDR-H1 loop when numbered using the Kabat numbering convention varies between H32 and H34 depending on the length of the loop. (This is because the Kabat numbering scheme places the insertions at H35A and H35B.) 如果H35A和H35B都不存在时，那么CDR-H1结束在32位； 如果只有H35A存在时，那么CDR-H1结束在33位；如果H35A和H35B同时存在，那么CDR-H1结束在34位

参考资料

http://www.bioinf.org.uk/abs/info.html